
V Bourneovu ultimátu agent Jason Bourne zlikvidoval tajný a kontroverzní vládní program společně s jeho tvůrci. Šlo však jen o špičku ledovce, pod níž se ukrývá mnohem sofistikovanější systém tajných operací, kterému šéfuje Byer. Chladnokrevného profíka události kolem Jasona Bournea rozhodně nenechávají chladným, a tak se pro jistotu rozhodne bezpečně pohřbít podobný program dřív, než mu taky přeroste přes hlavu. K jeho smůle však jinak precizní čistící operaci přežije právě Aaron Cross a také vědkyně Marta Shearing, která měla na starost jeho vědeckou část. Ti dva se navíc spojí a to je pro Byera smrtící hrozba, mnohem větší než ta, kterou představuje Bourne. Cross je taky z pořádně nepoddajného materiálu a oproti Jasonovi má tu výhodu, že si všechno pamatuje.
Jason Bourne se vrátil do New Yorku, ohrožuje celou CIA a ta začíná konat. Ukončuje programy Black Briar a Outcome, do kterého patří i agent Aaron Cross. I on je určen k likvidaci, stejně jako ostatní agenti rozesetí po celém světě, kde služba operuje. Aron je na tréninkové misi na Aljašce, kde se mu podaří před vrahy uniknout. Musí ale vynaložit veškeré úsilí a využít své schopnosti k tomu, aby všemocnou tajnou organizaci překonal. Ocitá se na útěku, je opět sledován nejmodernější technikou a musí kličkovat mezi sprchou smrtících kulek. Cross se poté shledává s doktorkou Shearingovou, u které kdysi podstupoval léčbu jako agent. Té jediné může věřit. Proti nim stojí šéf tajných operací, který má obrovský zájem na likvidaci všech vylepšených agentů.
V Bourneovom ultimáte agent Jason Bourne zlikvidoval tajný a kontroverzný vládny program spoločne s jeho tvorcami. Išlo však len o špičku ľadovca, pod ktorou sa ukrýva oveľa sofistikovanejší systém tajných operácií, ktorému šéfuje Byer (Edward Norton). Chladnokrvného profíka udalosti okolo Jasona Bournea rozhodne nenechávajú chladným, a tak sa pre istotu rozhodne bezpečne pochovať podobný program skôr, ako mu prerastie cez hlavu. K jeho smole však inak precíznu čistiacu operáciu prežije práve Aaron Cross (Jeremy Renner) a taktiež vedkyňa Marta Shearing (Rachel Weisz), ktorá mala na starosť jeho vedeckú časť. Tí dvaja sa navyše spoja, a to je pre Byera smrtiaca hrozba, oveľa väčšia ako tá, ktorú predstavuje Bourne. Cross je tiež z poriadne nepoddajného materiálu a oproti Jasonovi má tú výhodu, že si všetko pamätá.
Bourneův odkaz navazuje na závěr Bourneova ultimáta. Veřejnost se dozvěděla o projektu Threadstone, a tak se ho příslušná vládní organizace rozhodne komplet zlikvidovat. A to doslova – nájemní zabijáci vraždí jednoho po druhém všechny agenty i další osoby, které o projektu věděli. A Aaron Cross (Jeremy Renner) je jedním z cílů. Jenomže se nehodlá vzdát bez boje, a tak se vydává na útěk společně s doktorkou genetiky (Rachel Weisz), jež se podílela na vylepšování jednotlivých agentů.