
Uplynuly čtyři roky od okamžiku, kdy K a J – genti tajné neoficiální organizace MIB dohlížející na utajené mimozemské imigranty na Zemi – dvrátili velkou intergalaktickou katastrofu. Tehdy čerstvě získaný agent J se v organizaci etabloval, zatímco jeho starší zkušený kolega K se vrátil k pohodlnému civilnímu životu a pracuje na poště. Během rutinního vyšetřování však J odhalí spiknutí řízené zlou kytothianskou stvůrou Serleenou, vystupující v podobě sexy modelky luxusního spodního prádla. Serleena však obsadí budovu organizace MIB a jako rukojmí si vezme jeho zaměstnance. J nezbývá než požádat o pomoc jediného muže, který mu s řešením situace může pomoci – zpohodlnělého K.
Sú to už štyri roky, čo tajní vládni agenti Kay (Tommy Lee Jones) a Jay (Will Smith) odvrátili hrozbu intergalaktickej katastrofy obrovských rozmerov. Kay sa medzičasom po vymazaní spomienok pod menom Kevin Brown vrátil do bežného života a Jay i naďalej pracuje pre MIB – bohato dotovanú, neoficiálnu vládnu agentúru, ktorá reguluje mimozemský život na našej planéte. V priebehu vyšetrovania zdanlivo rutinnej záležitosti Jay odhalí diabolský plán, zosnovaný nepriateľskou kylothianskou potvorou Serleenou (Lara Flynn Boyle), ktorá sa maskuje vizážou zvodnej modelky. Keď Serleena vezme ako rukojemníkov celú budovu MIB, zostáva iba jediná osoba, na ktorú sa môže Jay obrátiť – jeho bývalý partner. Nastáva boj s časom a počas neho musí Jay presvedčiť Kaya, ktorý stratil všetky spomienky na svoju kariéru pri MIB a zároveň je jediným žijúcim človekom s vedomosťami potrebnými na záchranu galaxie, aby sa opäť pridal k MIB. Inak sa Zem stane obeťou totálnej deštrukcie…