
Tínedžer Sam Witwicky (Shia LaBeouf) sa už ako-tak spamätal z prvého stretnutia s dobrými Autobotmi a zlými Deceptikonmi. Navyše medzičasom dospel a začal sa pripravovať na opustenie rodného hniezda, v ústrety búrlivému vysokoškolskému životu. Náladu mu kazí azda len fakt, že svoj vzťah s rozkošnou Mikaelou Banesovou (Megan Fox) bude chtiac-nechtiac zmeniť na chodenie na diaľku, pretože ona na štúdium na univerzite jednoducho nemá peniaze… Ich odlúčenie však našťastie netrvá dlho. Keď totiž Sam objaví úlomok matérie, o ktorú spolu Autoboti a Deceptikoni odnepamäti tak úporne bojovali, a získa z nej pre obe strany drahocenné informácie, prilepia sa mu na päty mechanickí gauneri z celej galaxie! A je ich naozaj požehnane… Nečudo, že Samovi preto zakrátko začne univerzitná pôda doslova horieť pod nohami a spolu s Mikaelou, verným Autobotom Bumblebeem, ktorý sa dokáže pretransformovať na nádherný Chevrolet, a bohužiaľ i s oboma rodičmi pred nimi uteká cestou-necestou…
Puberťák Sam Witwicky se už vzpamatoval z prvního setkání s hodnými Autoboty a zlými Deceptikony. Navíc dospěl a začal se připravovat na opuštění rodného hnízda, vstříc bouřlivému vysokoškolskému životu. Náladu mu kazí snad jen fakt, že vztah s rozkošnou Mikaelou se promění na chození na dálku, protože ona na univerzitní studia nemá peníze. Odloučení naštěstí netrvá dlouho. Když Sam objeví úlomek matérie, o kterou spolu Autoboti a Deceptikoni tolik bojovali v jedničce, a získá z něj pro obě strany drahocenné informace, začnou po něm jít mechaničtí gauneři z celé galaxie.
Puberťák Sam Witwicky (Shia LaBeouf) se už vzpamatoval z prvního setkání s hodnými Autoboty a zlými Deceptikony. Navíc dospěl a začal se připravovat na opuštění rodného hnízda, vstříc bouřlivému vysokoškolskému životu. Náladu mu kazí snad jen fakt, že vztah s rozkošnou Mikaelou (Megan Fox) se promění na chození na dálku, protože ona na univerzitní studia nemá peníze. Odloučení naštěstí netrvá dlouho. Když Sam objeví úlomek matérie, o kterou spolu Autoboti a Deceptikoni tolik bojovali v jedničce, a získá z něj pro obě strany drahocenné informace, začnou po něm jít mechaničtí gauneři z celé galaxie. A že jich tu je. Podle trikových specialistů ze studia ILM se ve filmu objeví kolem šedesáti různých robotů. Sama proto brzy začne pálit univerzitní půda pod nohama a v doprovodu Mikaley, věrného Autobota přezdívaného Bumblebee, který se dokáže přetransformovat v nadupaný Chevrolet, a bohužel i za asistence rodičů, před nimi prchá cestou necestou.
Sam Witwicky odchází na vysokou školu, kde hodlá v klidu studovat. Znamená to i dočasné odloučení od jeho lásky Mikaely. Jenže v té době se podaří Deceptikonům osvobodit Megatrona z jeho vězení na dně moře a společně s ním na radu vůdce Deceptikonů, pradávného Fallena, začínají svůj boj proti Autobotům a s nimi spojeným lidem. Megatronovi se podaří zničit Optima Prima (vůdce Autobotů) a na radu Fallena pátrá po Samovi a přitom ničí lidská města. Sam se totiž dotknul posledního kousku legendární materie a teď se mu v mozku promítají symboly, které mohou Fallena a jeho bandu dovést k dávnému stroji, kterým vytěží ze Země pro ně potřebný energon (to však znamená zánik našeho Slunce). Sam záhy zjistí, o co Deceptikonům jde (zjistí to od Deceptikona Jet Fira), a vydá se najít matrici, která stroj spouští, dřív než ji najde Megatron. Sama na jeho cestě za matricí doprovází Mikaela, která za ním na kolej dorazila, jeho nový spolubydlící Leo a bývalý výzkumník a agent Simmons…
Přestože byli Deceptikoni v čele s Megatronem poraženi, Starscream se vrací na Cybertron, aby zabral oficiálně místo vůdce a odletěl se svou armádou na Zem, srovnat si s Optimem Primem a jeho pobočníky nevyřízené účty. Mezi Deceptikony je však i Soundwave, Megatronův věrný pobočník, a také Shockwave, strážce Cybertronu, který Starscreama za svého vůdce přijmout nechce za žádnou cenu a z jiskry ho nenávidí. Soundwave má plán jak oživit Megatrona, což se mu povede, a oživí i ostatní zemřelé. Stejně tak i přetrženého Jazze (Darius McCarey). Mezitím se Sam dal na vysokou školu, na kterou jeho láska Michaela z nedostatku peněz nemůže. I když Sam potká na vysoké škole blonďatou krásku Alici, zůstává věrný své Michaele. Když se Optimus doslechne o vzkříšení Megatrona a ostatních mrtvých robotů, neváhá se ani on po boku s věrnými Autoboty, Samem a Michaelou vložit do souboje ochrany Země a celého vesmíru.
Na začátku příběhu jsou Autoboti a americká armáda uprostřed tajné války proti Decepticonům. Čím více obřích robotů sem přichází, tím zjevnější je nesporná role Transformerů v daleké historii samotné planety Země. Ale ani názory některých politiků, že Decepticoni stále útočí na naši planetu jen kvůli přítomnosti Autobotů, nedonutí Optima Primea (Peter Cullen), aby nechal Zemi nechráněnou, a obrací se na Sama (Shia LaBeouf), aby se stal veřejným hlasem názorů Autobotů a jejich obhájcem před nedůvěřivými byrokraty. Sam však nevěří, že by mohl být v takové záležitosti nějak prospěšný, a proto se snaží zaměřit spíše na studium na univerzitě a opět se zařadit do kolejí normálního života. Podivné vidiny a sny, které se mu zjevují od té doby, co byl vystaven energii mocné Prajiskry, mu však vidinu obyčejného života zrovna neulehčují. A nejen to: Na Autoboty i obyvatele Země čeká nové nebezpečí. Padlý vůdce Decepticonů Megatron (Hugo Weaving) se vrací ze záhrobí a přináší s sebou prastaré zlo z té nejpradávnější historie samotných Transformerů.
„Všechna skvělá pokračování přece musí mít hrozivého padoucha!“, přesvědčuje scénárista snímku Alex Kurtzman. Na plátna kin tak přichází jedna z originálních postav komiksového světa Transformers, známý jako the Fallen (Padlý). „Byl to jeden z vůbec prvních Transformerů, byl to Lucifer, padlý anděl, a nyní se rozhodl vrátit!“