
Matematik Ian Malcolm (Jeff Goldblum) sa znovu stretne s miliardárom Johnom Hammondom (Richard Attenborough). Dozvie sa, že neďaleko ostrova Nubar, kde mal byť pred známou katastrofou Jurský park, leží ostrov Sorna, na ktorom bola základňa zaoberajúca sa klonovaním jašterov. Hurikán ju zničil, ale zvieratá prežili. Hammond zorganizoval výpravu, ktorá zdokumentovať situáciu na ostrove a život tamojších dinosaurov. Malcolm odletí na ostrov len preto, aby odtiaľ dostal priateľku, paleontologičku Sarah Hardingovú (Julianne Mooreová). Na ostrove sa vylodí aj lovecká expedícia vedená Hammondovým synovcom Ludlowom (Arliss Howard). Ten chce pochytať jaštery a otvoriť Jurský park priamo v San Diegu. Netuší, aké nebezpečenstvo hrozí obyvateľom San Diega, keď sa dinosaury dostanú na slobodu…
Když byl před čtyřmi lety zničen Jurský park, neznamenalo to definitivní konec dinosaurů. Celou dobu totiž existoval druhý utajený ostrov Isla Sorna, na kterém byli dinosauři pěstováni „v divoké přírodě“, bez ohrad a dohledu, a odkud byli převáženi na Isla Nublar. Nyní ale posádka výletní lodě nešťastnou náhodou druhý ostrov objevila a je nutno podniknout rozhodné kroky. Proto John Hammond (Richard Attenborough), duchovní otec původního parku, povolává Iana Malcolma (Jeff Goldblum) a žádá ho, aby vedl novou výpravu, jejímž úkolem bude zdokumentovat život dinosaurů na Isla Sorna (zdá se, že jeho jedinou kvalifikací pro tuto náročnou práci je fakt, že už se jednou s dinosaury setkal a přežil to). Navíc je shodou okolností na ostrově zoologická odbornice Sarah Hardingová (Julianne Moore), která byla Hammondem vyslána napřed a která má Malcolma částečně motivovat k účasti, protože byla jeho přítelkyní. Kromě toho s výpravou cestuje jako černý pasažér také Malcolmova dcerka. Záhy po doplutí na ostrov Malcolmův tým zjistí, že mají konkurenty: Hammondův zlý synovec Peter Ludlow (Arliss Howard) se vypravil na ostrov s mnohem početnějším a lépe vybaveným týmem (včetně profesionálních lovců), který má dinosaury odchytit a převézt do San Diega, kde mají být vystaveni v zoologické zahradě. Ať už to dopadne jakkoliv, je jasné, že dinosauři budou mít co žrát…
Doktor Malcolm je pozván do sídla Johna Hammonda, duchovního otce projektu Jurský park. Ještě před samotným setkáním s Hammondem Malcolm narazí na Hammondova bezohledného synovce Petera Ludlowa. S ním má Malcolm spory už kvůli nepovedenému projektu Jurského parku. Vztahy mezi oběma muži jsou na bodu mrazu. Hammond oznámí Malcolmovi, že existuje ještě ostrov Isla Sorna, kde se dinosauři množí bez omezení v divoké přírodě. Dosud o této části projektu Jurský park veřejnost nevěděla. V nedávné době však u pobřeží ostrova přistála loď britského milionáře a posádka na dinosaury narazila. Hammond si představuje, že Malcolm na ostrov odjede s malou výpravou a výprava zmapuje život zdejších dinosaurů. Aby Hammond donutil Malcoma nabídku přijmout, oznámí mu, že na ostrov před třemi dny odjela i Malcolmova snoubenka, dr. Sára Hardingová. Šokovaný Malcom, který se o svou přítelkyni bojí, ihned urychluje odjezd výpravy na ostrov. Výpravu tvoří on, fotograf Nick Van Owen a technický specialista Eddie Carr. Aniž by to Malcolm věděl, do auta se schová i jeho dcera Kelly. Malcolmovi a jeho druhům se velmi rychle díky GPS lokátoru podaří najít Sáru. Ta je nadšená z pozorování býložravých dinosaurů. Záhy však výprava zjistí nejen to, že Malcolmova dcera Kelly je na ostrově, ale také že na ostrov přilétá i mnohem větší výprava Petera Ludlowa. Ludlow se svými lidmi na ostrově zahájí odlov dinosaurů pro jeho nový podnikatelský projekt, velkou dinosauří zoologickou zahradu v San Diegu. Nick, který odlov dinosaurů těžce nese, v noci odchycené exempláře vypustí z jejich klecí. Dinosauři Ludlowově výpravě zdemolují její tábor a zařízení. Sára s Nickem v džungli narazí na mládě tyranosaura, kterému Ludlowovův předák, Roland Tembo, zlomil nohu a svázal ho. Roland mládě použil jako návnadu na jeho rodiče, které hodlá ulovit a proslavit se tak jako nejlepší lovec na světě. Sára s Nickem mládě odvezou na svou základnu a tady mu začnou nohu ošetřovat. Vytvoří jakousi dlahu, která se po čase rozpadne, a mládě se tak má šanci uzdravit. Jenže rodiče mláděte ucítí jeho pach a základnu napadnou. Sáře a Nickovi se sice podaří mládě k rodičům vypustit, ti ale na základnu přesto zaútočí a obytné vozidlo, ve kterém se Nick a Sára schovávají, shodí ze svahu…